Cette série issue de l'univers Gundam reprend le scénario habituel de la guerre des colonies contre la Terre, du vol des Gundams ainsi que le sentiment de supériorité des habitants de l'espace. La chronologie prend place dans la Cosmic Era (CE, ou Ère Cosmic ), un nouveau calendrier adopté pour fêter la fin de la Guerre de Reconstruction et annonce du programme de colonisation Spatiale. L'élément principal du scénario est la peur engendrée par des humains supérieurs, les Coordinateurs (Coordinator). Contrairement aux New-types dans la majorité des autres séries Gundam, les Coordinateurs ne sont pas une évolution de l'être humain, mais des êtres génétiquement modifiés dès la fécondation de l'ovule par le spermatozoïde. Les Coordinateurs ne souffrent d'aucune maladie, ils sont plus forts physiquement, plus vite mûrs intellectuellement, plus rapides, etc. Ces avantages ont créé un mouvement de peur parmi les humains « normaux », les Naturels (Naturals). Cela a mené à la création d'un parti politique, Blue Cosmos, dont le but est l'anéantissement total des Coordinateurs . Suite à des attentats les visant, ces derniers se sont en grande majorité retirés dans les colonies spatiales de PLANT. Mais Blue Cosmos ne s'est pas contenté de cela : il a envoyé un missile nucléaire sur une colonie fermière, Junius-7,le 14 février CE 70. Cet incident, connu sous le nom de Saint Valentin Sanglante a déclenché une guerre entre ZAFT (Zodiac Alliance of Freedom Treaty, l'armée des Coordinateurs) et l'Alliance Terrestre, dont les forces armées sont connues sous le nom de OMNI Enforcer (Oppose Militancy & Neutralize Invasion Enforcer). Mais une nouvelle arme de ZAFT, des véhicules de combats anthropomorphes appelés Mobile Suit (MS, le terme "armure mobile" est aussi employé en version française), leur donne un avantage et malgré leur infériorité numérique, la guerre dure depuis déjà onze mois au début de la série.

Gundam Seed 01 PHASE-01 Une paix mensongère
Gundam Seed 02 PHASE-02 Son nom est « Gundam »
Gundam Seed 03 PHASE-03 Terre de destruction
Gundam Seed 04 PHASE-04 À pas de loup
Gundam Seed 05 PHASE-05 Phase Shift désactivé
Gundam Seed 06 PHASE-06 Le Gundam qui disparaît
Gundam Seed 07 PHASE-07 Une cicatrice dans l'espace
Gundam Seed 08 PHASE-08 La chanteuse de l'armée ennemie
Gundam Seed 09 PHASE-09 Lueurs vacillantes
Gundam Seed 10 PHASE-10 Chemins divergents
Gundam Seed 11 PHASE-11 Quand se lève l'épée
Gundam Seed 12 PHASE-12 Le choix de Flay
Gundam Seed 13 PHASE-13 Pluie d'étoiles filantes
Gundam Seed 14 PHASE-14 Dans le flot du temps
Gundam Seed 15 PHASE-15 À chacun sa solitude
Gundam Seed 16 PHASE-16 Le désert de feu
Gundam Seed 17 PHASE-17 Retrouvailles avec Cagalli
Gundam Seed 18 PHASE-18 Œil pour œil, dent pour dent
Gundam Seed 19 PHASE-19 Dans les griffes de l'ennemi
Gundam Seed 20 PHASE-20 Une journée tranquille
Gundam Seed 21 PHASE-21 Au-delà du désert
Gundam Seed 22 PHASE-22 Quand la mer se teint de pourpre
Gundam Seed 23 PHASE-23 La rencontre du destin
Gundam Seed 24 PHASE-24 Une petite guerre
Gundam Seed 25 PHASE-25 Vers le pays de la paix
Gundam Seed 26 PHASE-26 Instant
Gundam Seed 27 PHASE-27 La ronde infinie
Gundam Seed 28 PHASE-28 Kira
Gundam Seed 29 PHASE-29 Un caprice du destin
Gundam Seed 30 PHASE-30 Le temps de la lumière
Gundam Seed 31 PHASE-31 Le ciel des lamentations
Gundam Seed 32 PHASE-32 Vers la terre promise
Gundam Seed 33 PHASE-33 Les prémices des ténèbres
Gundam Seed 34 PHASE-34 Au-delà du regard
Gundam Seed 35 PHASE-35 Quand tombe le couperet
Gundam Seed 36 PHASE-36 Sous la bannière de la Justices
Gundam Seed 37 PHASE-37 La foudre divine
Gundam Seed 38 PHASE-38 Les feux de la décision
Gundam Seed 39 PHASE-39 Asraan
Gundam Seed 40 PHASE-40 Vers le crépuscule cosmique
Gundam Seed 41 PHASE-41 Et le monde trembla
Gundam Seed 42 PHASE-42 Lacus attaque
Gundam Seed 43 PHASE-43 Les révoltées
Gundam Seed 44 PHASE-44 La spirale des rencontres
Gundam Seed 45 PHASE-45 L'ouverture du portail
Gundam Seed 46 PHASE-46 Là où se retirent les esprits
Gundam Seed 47 PHASE-47 Un nouveau cauchemar
Gundam Seed 48 PHASE-48 Le jour de la colère
Gundam Seed 49 PHASE-49 La lumière de l'apocalypse
Gundam Seed 50 PHASE FINALE Vers des lendemains sans fin