Une année a passée depuis la fin de la guerre et une paix fragile est conservée tant bien que mal entre les PLANTS et l'Alliance Terrestre. Tout dégénère lorsque les derniers Gundam de ZAFT sont dérobés par des inconnus. Suite à la bataille que ce vol a provoqué, le vaisseau le plus récent de la flotte de ZAFT, le Minerva, se lance à la poursuite des trois Gundam volés avec à son bord Shinn Asuka, pilote de l'un des seuls Gundams l'Impulse (ZGMF-X56S) ayant échappé au vol. Peu après, il est rejoint par le pilote du Saviour Gundam (ZGMF-X23S), Athrun Zala, ancien soldat de ZAFT qui s'est réengagé dans l'armée aux côtés du dirigeant Durandal des colonies PLANT. Mais l'organisation Blue cosmos, à l'origine de la guerre précédente, met son grain de sel et déclenche une guerre entre l'Alliance Terrestre et ZAFT. Comment l'Archangel et son equipage vont-ils pouvoir mettre fin à cette guerre?

Gundam Seed Destiny 01 Un regard en colère
Gundam Seed Destiny 02 Les racines de la guerre
Gundam Seed Destiny 03 Le feu de la prémonition
Gundam Seed Destiny 04 Bataille parmi les poussières d'étoiles
Gundam Seed Destiny 05 Blessures inguérissables
Gundam Seed Destiny 06 Quand viendra la fin du monde
Gundam Seed Destiny 07 Terre de confusion
Gundam Seed Destiny 08 Jonction
Gundam Seed Destiny 09 Les griffes de l'arrogance
Gundam Seed Destiny 10 La malédiction du père
Gundam Seed Destiny 11 Le choix de son destin
Gundam Seed Destiny 12 La mer de sang
Gundam Seed Destiny 13 Les ailes de la résurrection
Gundam Seed Destiny 14 Départ pour l'avenir
Gundam Seed Destiny 15 Retour sur le champ de bataille
Gundam Seed Destiny 16 Duel dans l'océan Indien
Gundam Seed Destiny 17 La marque du soldat
Gundam Seed Destiny 18 Détruisez le Lohengrin !
Gundam Seed Destiny 19 Une vérité dissimulée
Gundam Seed Destiny 20 Le passé
Gundam Seed Destiny 21 Regards errants
Gundam Seed Destiny 22 L'épée céleste
Gundam Seed Destiny 23 L'ombre de la guerre
Gundam Seed Destiny 24 Regards fugitifs
Gundam Seed Destiny 25 L'antre du péché
Gundam Seed Destiny 26 Promesses
Gundam Seed Destiny 27 Sentiments inexprimés
Gundam Seed Destiny 28 Survivre et mourir
Gundam Seed Destiny 29 Destins
Gundam Seed Destiny 30 Un rêve éphémère
Gundam Seed Destiny 31 Une nuit interminable
Gundam Seed Destiny 32 Stellar
Gundam Seed Destiny 33 Quand le monde se dévoile
Gundam Seed Destiny 34 Cauchemar
Gundam Seed Destiny 35 Par-delà le chaos
Gundam Seed Destiny 36 Asran déserte
Gundam Seed Destiny 37 Nuit de tonnerre
Gundam Seed Destiny 38 Une nouvelle bannière
Gundam Seed Destiny 39 Kira Tout Puissant
Gundam Seed Destiny 40 Une détermination en or
Gundam Seed Destiny 41 Refrain
Gundam Seed Destiny 42 Liberté et justice
Gundam Seed Destiny 43 Contre-attaque
Gundam Seed Destiny 44 Deux Lacus
Gundam Seed Destiny 45 L'aube du changement
Gundam Seed Destiny 46 La chanson de la vérité
Gundam Seed Destiny 47 Meer
Gundam Seed Destiny 48 Vers un nouveau monde
Gundam Seed Destiny 49 Rey
Gundam Seed Destiny 50 Le pouvoir ultime
Gundam Seed Destiny 51 Le choix du futur