Saison 1 :
En l'an 2307 de notre ère, les réserves de carburants fossiles se sont épuisées, et l'humanité a dû se tourner vers l'énergie solaire. À cette époque, il existe trois ascenseurs orbitaux, équipés de systèmes de production d'énergie à partir de la lumière du soleil, chacun étant contrôlé par l'un des trois blocs de nations dominant : l'Union, formée du continent Américain, de l'Océanie et du Japon (menée par les États-Unis d'Amérique) ; la Ligue de la Réforme Humaine, formée par la Russie, la Chine et Inde ; et enfin l'AEU (Advanced European Union), héritière de l'Union Européenne. Cependant, les bénéfices retirés de ces équipements ne profitent pas à toutes les nations, attisant les rancœurs, et menant à la guerre. L'histoire débute alors que l'ascenseur orbital de la Ligue de la Réforme Humaine est victime d'une attaque terroriste. Attaque contrecarrée par l'intervention d'une organisation inconnue, qui possède des Mobile Suit Gundam, et qui répond au nom de « Celestial Being ». Cette nouvelle organisation annonce qu'elle utilisera désormais ces Gundam et leur force pour mettre fin à tous les conflits armés existants, sans distinction de race, religion ou de nationalité des belligérants.

Gundam 00 : 01 Celestial Being
Gundam 00 : 02 Gundam Meister
Gundam 00 : 03 Un monde en mutation
Gundam 00 : 04 Pourparlers d'indépendance
Gundam 00 : 05 Le point de non-retour
Gundam 00 : 06 Seven swords
Gundam 00 : 07 Vague à l'âme
Gundam 00 : 08 Châtiment aveugle
Gundam 00 : 09 Le prestige d'une nation
Gundam 00 : 10 La capture du Gundam
Gundam 00 : 11 Allelujah
Gundam 00 : 12 La fin de la doctrine
Gundam 00 : 13 Le retour du saint homme
Gundam 00 : 14 Un matin décisif
Gundam 00 : 15 Des ailes brisées
Gundam 00 : 16 Trinity
Gundam 00 : 17 L'attaque des Throne
Gundam 00 : 18 Fer malévole
Gundam 00 : 19 Le lien
Gundam 00 : 20 Une arme révolutionnaire
Gundam 00 : 21 Vers la chute
Gundam 00 : 22 Transam
Gundam 00 : 23 Contre le monde entier
Gundam 00 : 24 Un vers sans fin
Gundam 00 : 25 Setsuna

Saison 2 :
4 ans après les évènements de la première saison, Tieria Erde est le seul Gundam Meister à mener des missions au nom des Celestial Being, aux commandes d'un Gundam de nouvelle génération : le Seravee Gundam. Les nations du monde se sont unies et ont formé la Fédération. Une organisation secrète, Katharon (カタロン), est accusée par la Fédération de troubler l'ordre mondial. Pour contrecarrer leurs actions, celle-ci créée une organisation de préservation indépendante de l'armée : A-Laws, le nouvel ennemi de Celestial Being.

Gundam 00 : 01 La parousie des anges
Gundam 00 : 02 Twin Drive
Gundam 00 : 03 Le sauvetage d'Allelujah
Gundam 00 : 04 Une raison de se battre
Gundam 00 : 05 Sa patrie en flammes
Gundam 00 : 06 Stigmates
Gundam 00 : 07 Retrouvailles et adieux
Gundam 00 : 08 Pure corruption
Gundam 00 : 09 Un passé indéfectible
Gundam 00 : 10 La lumière céleste
Gundam 00 : 11 La voix du 00
Gundam 00 : 12 Je t'attendrai dans l'espace
Gundam 00 : 13 La bataille du Memento Mori
Gundam 00 : 14 Un chant résonne
Gundam 00 : 15 La victoire de la résistance
Gundam 00 : 16 Prélude à la tragédie
Gundam 00 : 17 Dans la lumière vacillante
Gundam 00 : 18 Sentiments mitigés
Gundam 00 : 19 L'ombre des Innovateurs
Gundam 00 : 20 Anew Returner
Gundam 00 : 21 La porte du renouveau
Gundam 00 : 22 Pour l'avenir
Gundam 00 : 23 Fleur de vie
Gundam 00 : 24 Beyond
Gundam 00 : 25 Renaissance