L'histore se déroule dans un monde où certaines personnes ont le pouvoir de transformer des objets en d'autres objets : on les appelle des "alchimistes". Cette transformation doit obéir à une certaine règle : l'objet transformé et l'objet issu de la transformation doivent être de masses équivalentes. Edward Elric est, malgré son jeune âge, un fameux alchimiste qui a perdu son petit frère, Alphonse, lors d'une expérience de transformation interdite. Il a cependant réussi à enfermer l'âme de celui-ci dans une grande armure en fer. L'aventure des deux frères commence quand ils décident de partir à la recherche d'un objet aux mystérieux pouvoirs capable de les aider à retrouver leurs corps initiaux : la très convoitée "pierre philosophale".

Full Metal Alchemist 01 Défier le soleil
Full Metal Alchemist 02 Le corps d'un condamné
Full Metal Alchemist 03 maman...
Full Metal Alchemist 04 Le trafiquant d'armes
Full Metal Alchemist 05 L'homme au bras bionique
Full Metal Alchemist 06 L'examen d'entrée
Full Metal Alchemist 07 Le cri de la chimère
Full Metal Alchemist 08 La pierre philosophale
Full Metal Alchemist 09 La montre d'argent
Full Metal Alchemist 10 Psyrène
Full Metal Alchemist 11 Faux frères partie 1
Full Metal Alchemist 12 Faux frères partie 2
Full Metal Alchemist 13 Fullmetal contre Flamme
Full Metal Alchemist 14 Le bras droit destructeur
Full Metal Alchemist 15 Le massacre d'Ishbal
Full Metal Alchemist 16 ce qu'on a perdu
Full Metal Alchemist 17 La maison familiale
Full Metal Alchemist 18 Les notes de Marcoh
Full Metal Alchemist 19 toute la verité
Full Metal Alchemist 20 Âmes de guerriers
Full Metal Alchemist 21 la lueur rouge
Full Metal Alchemist 22 humains artificiels
Full Metal Alchemist 23 Coeur d'acier
Full Metal Alchemist 24 Souvenirs enracinés
Full Metal Alchemist 25 Cérémonie d'adieu
Full Metal Alchemist 26 Au pays des méka-greffes
Full Metal Alchemist 27 Maître
Full Metal Alchemist 28 Un est tout, tout est un
Full Metal Alchemist 29 Un enfant innocent
Full Metal Alchemist 30 Attaque du QG Sud
Full Metal Alchemist 31 le péché
Full Metal Alchemist 32 dante de la foret profonde
Full Metal Alchemist 33 le kidnaping de al
Full Metal Alchemist 34 La théorie de Greed
Full Metal Alchemist 35 Retrouvailles
Full Metal Alchemist 36 tueurs - nés
Full Metal Alchemist 37 L'alchimiste de flamme
Full Metal Alchemist 38 Le lit de la rivière
Full Metal Alchemist 39 Guerre civile dans l'Est
Full Metal Alchemist 40 La cicatrice
Full Metal Alchemist 41 La sainte
Full Metal Alchemist 42 De nom inconnu
Full Metal Alchemist 43 Chien errant
Full Metal Alchemist 44 Hohenheim le lumineux
Full Metal Alchemist 45 Coeur corrompu
Full Metal Alchemist 46 Transmutation humaine
Full Metal Alchemist 47 Sceller un homonculus
Full Metal Alchemist 48 adieu
Full Metal Alchemist 49 deriere la porte
Full Metal Alchemist 50 la mort
Full Metal Alchemist 51 fin