The World n'est plus ce qu'il était. Le MMORPG phare de la société CC Corp ressemble à présent à un gigantesque champ de bataille virtuel, dans lequel les PK (Player Killers, autrement dit les joueurs qui tuent d'autres joueurs) mènent la vie dure aux débutants et obligent les autres à se regrouper en guildes pour leur faire face. C'est dans ce contexte délicat que Haseo, un débutant tout à fait ordinaire, débarque dans le jeu. Attaqué par des PK dès son arrivée, il est sauvé par Ovan, le chef de la guilde Twilight Brigade. Ovan semble s'intéresser à lui car il détiendrait manifestement un pouvoir qui lui est unique. Désorienté et vite découragé dans un jeu dont il ne saisit pas les règles, Haseo décide de le rejoindre et de l'aider dans sa quête d'un objet légendaire qui aurait autrefois existé dans the world: key of the twilight ..

.hack//Roots 01 Bienvenue dans The World
.hack//Roots 02 La Brigade du crépuscule
.hack//Roots 03 Engagement
.hack//Roots 04 Pressentiment
.hack//Roots 05 Perte de confiance
.hack//Roots 06 Conflit
.hack//Roots 07 Intrigue
.hack//Roots 08 Commencement
.hack//Roots 09 Melle
.hack//Roots 10 Disparu
.hack//Roots 11 Discorde
.hack//Roots 12 Rupture
.hack//Roots 13 Tragédie
.hack//Roots 14 Les Disparus
.hack//Roots 15 Contrôleur
.hack//Roots 16 Résolution
.hack//Roots 17 La foret de la douleur
.hack//Roots 18 Limite
.hack//Roots 19 Violation
.hack//Roots 20 Poursuite
.hack//Roots 21 Défaite
.hack//Roots 22 Liens
.hack//Roots 23 Épreuve
.hack//Roots 24 Confrontation
.hack//Roots 25 Confiance
.hack//Roots 26 Détermination